Dal greco μικρός (mikrós → piccolo) e βιοτή (biotḗ → biota), derivato da βίος (bios → vita, che vive) e –ώτης (-ṓtēs → suffisso derivativo di nomi e aggettivi etnici, relativo a popolazioni): la popolazione composta dall’insieme dei microorganismi simbiontici che si trovano nel tubo digerente; dovrebbe essere considerato come un vero e proprio organo metabolico, che svolge attività digestive e metaboliche che l’uomo non è in grado di espletare autonomamente. Un’importante funzione del microbiota è la disgregazione delle sostanze che il nostro sistema non è in grado di digerire, come le cartilagini e le molecole di cellulosa oppure la sintesi di sostanze indispensabili, come la vitamina K o vitamine del gruppo B. Tra i vantaggi nutrizionali si evidenzia in particolar modo come il microbiota sia in grado di favorire l’immagazzinamento energetico dai carboidrati introdotti con l’alimentazione e la produzione di acidi grassi a corta catena (SCFA), ovvero una tipologia di acidi grassi che viene difficilmente prodotta da fonti alimentari, ma che si creano con la fermentazione delle fibre ad opera dei batteri situati all’interno del colon.
Talvolta il temine flora intestinale viene utilizzato per designare l’insieme dei microorganismi che popolano l’intestino, anche se impropriamente, in quanto si riferisce prevalentemente ai batteri; quando si parla di microbiota, si intendono differenti specie comprendenti miceti, archea, virus, che cooperano in un complesso ecosistema simbiotico, caratterizzato da mutualismo che apporta un vantaggio ad ognuna di esse.
Il microbiota si sviluppa nel corso dei primi giorni di vita di un individuo e sopravvive fino alla sua morte, assumendo caratteristiche uniche, a meno che non intervengano malattie in grado di modificarne la composizione; 
anche se esiste un nucleo filogenetico comune, caratterizzato da un piccolo numero di specie condivise fra tutti gli individui, ogni persona ha un suo specifico pool genetico microbiotico: il numero di geni totale del microbiota, detto microbioma, è stimato essere 150 volte il numero di geni del genoma umano. Il microbiota dell’apparato digerente umano comprende fra le 500 e 1000 specie differenti di microorganismi; tra i batteri, la maggioranza è anaerobia e fra questi il più conosciuto è l’Escherichia Coli.
Il microbioma contiene informazioni in grado di modulare le risposte dell’organismo nei confronti di potenziali agenti patogeni o di sostanze che svolgono un ruolo xenobiotico, oppure di stimolare le cellule che vanno a costituire le difese immunitarie, siano esse innate o acquisite. Il microbiota intestinale contribuisce a regolare le manifestazioni, a livello locale, dell’immunità sistemica, influenzando lo sviluppo e la reattività del tessuto linfoide associato all’intestino, chiamato comunemente con l’acronimo GALT.
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